学校创建立于2004年。

2004年9月——2005年7月，由南通市实验小学、南通市城中小学和南通市城西小学联合办学；2005年8月-2014年7月，归属南通市城西小学，成为天元校区；2014年8月-2017年7月，加入南通市实验小学教育集团；2017年8月起，学校分设，南通市天元小学校独立办学。

“天道酬勤，虚往实归”，是天元师生共同的价值追求。“天——天道酬勤”，重外在行为修炼；“元——虚往实归”，重内在精神塑造。勤修学业，实在做人，天善天乐，元和元美。

学校从四个方面努力打造一座适合儿童的学习乐园：校园生活，从保障儿童的时间开始；课堂教学，从关注儿童的学习开始；课程建设，从符合儿童的需求开始；文化品牌，从尊重儿童的展示开始。